Сверхнормативный простой вагонов это обиходное наименование нахождения вагонов под разгрузочными и погрузочными операциями. При условии включения его в различные договоры, такой простой будет регулироваться нормами самого Договора, а если в договор не включены условия о простоях вагонов, то такие простои будут регулироваться нормами ФЗ "Устав железнодорожного транспорта РФ". Однако, для предъявления требований за простой вагонов необходимо иметь статус "Оператора подвижного состава". Понятие "Оператора подвижного состава" дано в ст. 2 Устава железнодорожного транспорта.

Если в договоре не прописаны штрафы за сверхнормативный простой вагонов, то вы можете заявить требования на основании норм ст. 99, 100 ФЗ "Устав железнодорожного транспорта РФ". Для предъявления требований Вам необходимо быть "Оператором подвижного состава", то есть владеть вагонами на праве собственности, праве аренды или ином праве. В случае если не являетесь Оператором, то предъявить за простой вы не сможете.

При отказе ОАО "РЖД" в предоставлении Вам данных ГВЦ свидетельствующих о времени и дате прибытия вагонов на станцию погрузки и времени и дате отправления вагонов со станции, используйте ответ ОАО "РЖД" в качестве основания истребования таких данных. Суд вам должен удовлетворить такое ходатайство, ведь зачастую компании заявляющие такие иски не являются участниками перевозочного процесса.
Поэтому, если у вас отказали РЖД в предоставлении данных, то вы можете их истребовать.

Пункт 1 ст. 332 ГК РФ гласит, что кредитор вправе требовать уплаты неустойки, определенной законом (законной неустойки), независимо от того, предусмотрена ли обязанность ее уплаты соглашением сторон.
Статьями 62, 99, 100 ФЗ "Устав железнодорожного транспорта РФ" установлена ответственность за простой вагонов на путях необщего пользования.
Таким образом, даже если Вашим договором установлена ответственность в виде штрафа за сверхнормативный простой вагонов под погрузкой и выгрузкой в договоре, то вы не лишены права требовать за простой вагонов по ст. 99, 100 Устава у вас имеется.

Согласно статьи 100 ФЗ "Устав железнодорожного транспорта РФ" за каждый час простоя каждого грузового полувагона взыскивается штраф в размере 0,2 базового размера исчисления сборов и штрафов.
Базовый размер исчисления сборов и штрафов - величина, в соответствии с которой рассчитываются сборы и штрафы для участников перевозочного процесса, равная 100 рублям (ст. 2 УЖТ).
0,2 от суммы 100 рублей это 20 рублей.
Согласно ч. 2 ст. 99 Устава установлен десятикратный размер штрафа за каждый час простоя каждого вагона.
Таким образом, 10х20 = 200 рублей - это сумма штрафа за каждый час простоя каждого вагона.
В сутки эта сумма равна 4 800 рублей.
За задержку цистерн, цементовозов, бункерных полувагонов, минераловозов и других специализированных вагонов размер штрафа, предусмотренный в настоящей статье, увеличивается в 2 (два) раза.
За задержку рефрижераторных вагонов и транспортеров - в 3 (три) раза.
Таким образом, сумма штрафа за простой вагонов в зависимости от их типа составляет:

• по полувагонам - 200 рублей за каждый час задержки полувагонов, а 4 800 рублей за сутки;
• по цистернам, цементовозам, бункерных полувагонов и т.д. - 400 рублей за каждый час задержки таких вагонов, а 9 600 рублей за сутки;
• по рефрижераторным вагонам и транспортерам - 600 рублей за каждый час задержки таких вагонов, 14 400 рублей за сутки.

Если Ваш заказчик не грузит его в установленный договором срок, то вы можете направить ему письменное уведомление о том, что вы утратили интерес к сделке и просите вернуть подвижной состав.
В случае если вагон стоит на подъездных путях, вы можете предъявить ему требование о взыскании убытков, штрафа за сверхнормативный простой вагонов или об утрате подвижного состава.
Также после направления уведомления о возврате подвижного состава, вы можете истребовать в порядке ст. 301 ГК РФ из чужого незаконного использования такие вагоны.

Пропишите в договоре условие о том, что стороны ежемесячно подписывают акт учета времени нахождения вагонов на путях погрузки выгрузки в течении, к примеру 5 (пяти) дней и в случае если ваш заказчик не предоставит мотивированного отказа в подписании акта простоя вагонов, то такой акт будет считаться им признанным, без возможности оспаривания и подлежащим оплате.

В условиях трансформации судебной практики по простою вагонов мы предлагаем следующую формулировку об ответственности за сверхнормативный простой вагонов под грузовыми операциями на подъездных путях (путях погрузки и выгрузки):

Заказчик обязуется обеспечить простой Вагонов, поданных согласно Заявке (либо без Заявки, но погруженные), на станциях погрузки/выгрузки не более:
- 3 (трех) суток на станциях погрузки;
- 3 (трех) суток на станциях выгрузки.
Время нахождения Вагонов на станции погрузки/выгрузки исчисляется с даты прибытия на станцию назначения.
Простой Вагонов свыше установленного срока исчисляется Сторонами в сутках, при этом неполные сутки считаются за полные.

В целях достоверного определения сроков простоя вагонов на станции погрузки или выгрузки, в том числе за пределами Российской Федерации, определяется по выгруженным данным системы «ЭТРАН» ОАО «РЖД» в виде таблицы Exсel за подписью Исполнителя, полученной Исполнителем из системы АС ЭТРАН на основании Заявления о присоединении к договору публичной оферты размещенной на сайте ОАО "РЖД" от "___" ____ 20__г. за № ____ (вх. № ____ -ЦФТО от "___"___202__г.) либо на основании иных информационных баз данных имеющихся у Исполнителя, таких как ООО "СТМ" ОГРН 1207800163438, ООО "Терминалинфо" (ОГРН 1123850006081), ООО "Трансинформ" (ОГРН 1177746022904) и т.д., либо на основании информационных отчетов (сообщений) экспедиторов, либо информационных источников, имеющихся у Исполнителя (сведения ГВЦ ОАО «РЖД», ИВЦ ЖА, сведения БЖД (Белорусские железные дороги), НК КТЖ (Национальная компания "Казахстан темир жолы" и т.д.). 

В случае несогласия Заказчика со временем простоя, заявленным Исполнителем, Заказчик предоставляет Исполнителю заверенные Заказчиком копии железнодорожной накладной относительно прибытия Вагона и квитанции о приеме Вагона к перевозке при его отправлении (памятки приемосдатчика, ведомости подачи уборки вагонов не являются основанием для пересчета заявленной суммы за простой вагонов). 
При непредставлении Заказчиком вышеуказанных документов в течение 5 (пяти) календарных дней со дня выставления Исполнителем требований (счета, акта, УПД и т.д.) на оплату простоя, количество суток простоя считается признанным Заказчиком, и счет подлежит оплате в полном объеме.
При этом, Заказчик лишается права оспаривать даты прибытия и отправления вагонов со станции погрузки и выгрузки.
Ведомости подачи/уборки вагонов, Памятки приемосдатчика, Уведомление о завершении грузовой операции и иные документы свидетельствующие о передвижении вагонов после подачи вагонов на станции погрузки/выгрузки не являются подтверждающими документами прибытия вагона и не могут быть приняты в основу расчета штрафа за сверхнормативный простой вагонов.

Нет, НДС не начисляется на сумму штрафа за сверхнормативный простой вагонов и является внереализационным доходом.

Если вашим договором установлено, что плата или штраф за сверхнормативное пользование вагонами за нахождение вагонов на подъездных путях взимается с даты прибытия на станцию погрузки, то это и есть путь необщего пользования и вас не должно волновать когда грузополучатель порожнего или груженого вагона примет вагон на пути погрузки/выгрузки. 
Поэтому да, возможно взыскать такой штраф.

Если вы будете выставлять жд простой по договору, то разницы скорее всего особой не будет.
Если будете выставлять по ст. 62, 99, 100 ЖД Устава, то отличие будет в стоимости суммы штрафа.